High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome.
Авторы: Wenshan Zheng, Shijie Zhao, Yehang Yin, Huidan Zhang, David M. Needham, Ethan D. Evans, Chengzhen L. Dai, Peter J. Lu*, Eric J. Alm*, David A. Weitz*.
Статья опубликована: 2022 Zheng et al., Science Vol. 376, No. 65976, eabm1483 (2022).
Читать полный текст статьи: https://doi.org/10.1126/science.abm1483
Перевод с английского языка: Беляева Лайма, Ведущий специалист по применению учебно-методического отдела ООО «Альгимед».
Технология Microbe-seq - это новый высокопроизводительный метод секвенирования единичных микробных клеток, позволяющий идентифицировать отдельные штаммы. Каждая клетка заключается в отдельную каплю, где происходит лизис, амплификация и присоединение адаптеров и праймеров. Новый метод позволяет идентифицировать виды бактерий, которые сложно культивировать, и различать отдельные штаммы одного вида.
Microbe-seq - это технология, объединяющая в себе микрофлюидно-капельный метод с адаптированным биоинформатическим анализом. Она была использована для получения генома микробиома кишечника человека с идентификацией до отдельного штамма. Данный тип исследования является общим подходом и применим к другим сложным микробным сообществам, таким как микробиомы почвы и океана. Применение технологии и интеграция Microbe-seq с другими методами, такими как скрининг, сортинг и секвенирование длинных фрагментов, помогает узнать больше о микробиоме кишечника и его влиянии на здоровье человека.
Техническое решение от компании MobiDrop позволило получить 21 914 отдельно амплифицированных геномов (SAG). Результаты были получены из семи образцов стула одного здорового донора. Каждый образец содержал от 1000 до 7000 SAG, всего 21 914 SAG. В каждом SAG было около 70 000 прочтений. Всего было идентифицировано 76 видов, многие из которых сложно культивировать. Исследователи отмечают, что грамотрицательные бактерии менее представлены, вероятно, из-за выбранного метода лизиса клеток. Также удалось идентифицировать штаммы отдельных SAG несмотря на то, что SAG покрывают только около 10% бактериального генома.
Пожалуйста, заполните форму ниже, чтобы получить доступ к полному тексту с переводом статьи. После отправки формы откроется всплывающее окно со ссылкой для просмотра и скачивания файла PDF.
Специалисты компании «Альгимед» готовы оказать консультацию по технологии Single Cell и помочь с подбором необходимого оборудования и реагентов под ваши задачи.
По вопросам приобретения продукции напишите на почту cellbio@algimed.ru.
